泰昌三年二月，遼西戰火頻仍。
開原軍長驅直入，連下沈陽、遼陽、廣寧、義州、錦州諸城，兵鋒直逼寧遠、山海關。
遼東經略王化貞投降開原后，朝廷震驚，內閣與司禮監經過一番爭斗，最終推出了新的經略人選。
正月底，內閣票擬由兵部侍郎王在晉取代王化貞，經略遼東，率薊鎮、宣大、甘肅、陜西、山西等地邊軍火速馳援寧遠，大張討伐，翦滅劉賊。
二月一日，王在晉代王化貞為兵部尚書兼右副都御史，經略遼東、薊鎮、天津、登（州）、萊（州），皇帝特賜他蟒玉、衣帶和尚方寶劍。
新任遼東經略離開京師時，奉詔入宮，向病榻上的泰昌皇帝分析關外形勢：
“劉賊敗壞遼東、遼西，一壞于開原，二壞于渾河，三壞于遼、沈，四壞于廣寧。初壞為危局，再壞為敗局，三壞為殘局，至于四壞——捐棄全遼，則無局之可布矣！”
此時泰昌皇帝已經病重臥床，氣息奄奄，聽了王在晉的話，皇帝連忙搖搖手，掙扎著坐了起來，目光浮動，望向他的大臣：
“先皇寬仁，厚待開原，以致劉賊坐大。劉賊狼子野心，人神共憤，遼東事已至此，卿不可推辭。糧草援軍，都會給你備齊，國亂思良相，卿到遼東，當與祖大壽勠力同心，為大明除此國賊，建不世功勛！切記切記。”
王在晉做過都察院右副都御史，知道這次援遼作戰，糧草是不可能備齊的。
大明九邊各地，拖欠兵餉已久，宣大被拖欠半年，陜西被拖欠十月。各地戰兵形如乞丐，賣兒鬻女者，大有人在，向外番賣自己的腰刀和鎧甲更是家常便飯。
去年，徐光啟上疏對邊軍進行改革，要求將每名邊軍的兵餉提高到二兩，更換裝備，裁撤京師火器局，直接從澳門兵工廠購置性能可靠的火銃·····結果徐光啟自然遭到了御史和總兵們猛烈攻擊彈劾，后來此事也就沒了下文。這位徐光啟現在下落不明，好像是被開原細作劫走了。
糧草無解，援兵無望。
王在晉知道皇帝無其他人可用，除了自己，又有誰愿意蹚渾水呢？
王在晉安慰皇帝幾句，祈禱圣上早日痊愈，便獨自一人走出紫禁城。
走過金水橋時，日頭漸漸沉入西山，小冰河氣候下的初春沒有吹面不寒楊柳風，有的只是寒氣逼人。
王在晉裹緊皮弁服，出了宮門，坐在自己官轎中，官轎一路向王府府邸走去。
大街上跑動著搶購米面的百姓，遼西戰事正在影響京師。
王在晉長嘆一聲，無可奈何的搖搖頭。
泰昌三年二月，失去魏忠賢控制的朱常洛，在新廠公許顯純的教唆下，夜夜笙歌，漁色無度，史書記載：
“三年二月，廠臣進美女侍帝。未十日，帝患病。”
二月初八，泰昌帝病重，召內官崔文升治病。
崔文升本是鄭貴妃宮中的親信太監。朱常洛即位以后，升為司禮監秉筆太監，朱常洛患病后，鄭貴妃指使崔文升以掌御藥房太監的身份向皇帝進“通利藥”，即大黃。大黃相當于瀉藥。所以，接下來的一晝夜，朱常洛連瀉三四十次，身體極度虛弱，處于衰竭狀態。
泰昌三年二月十日，朱常洛召英國公張惟賢、內閣首輔方從哲等十三人進宮，令皇長子朱由校覲見，崔文升被逐出皇宮。
泰昌三年二月十二日，鴻臚寺丞李可灼獻仙丹，朱常洛服用后，感覺還好，讓內侍傳話說：
“圣體用藥后，暖潤舒暢，思進飲膳。”
泰昌三年二月十三日五更，朱常洛駕崩。
二月十五日，太子朱由校繼帝位，改年號為崇禎。
新任遼東經略抵達寧遠之際。
義州戚家堡、錦州城南雙堡、十官兒屯等地遼民數萬，結寨自保，大、小凌河亦有數千不肯追隨祖大壽的遼民。
十三山、前寺山、查角山聚集難民十萬，由義州大俠楊三率領，楊三采取中立策略，既不隨遼鎮撤入寧遠，亦不愿向開原軍投降。
劉招孫派出馬士英、森悌等官員，出面對十多萬遼西難民進行招撫，許諾他們，等擊敗祖大壽，便給難民分田地，只要在戰亂中沒有濫殺無辜者，開原皆既往不咎。
十三山首領楊三派人前往寧遠，向遼東經略王在晉請求撥發錢糧，他將親率遼西義士與“劉賊”血戰到底，報效朝廷。
新任遼東經略王在晉對楊三的請求置若罔聞。
王在晉認為，目前寧遠、山海關防守尚未穩固，不可輕舉妄動，若救回難民，必然無處安置，也沒有糧草供養，而且難民中間肯定會夾雜很多開原奸細。
最后，王在晉對十三山使者說：
“劉賊現在只是吞并錦州，并沒有立即攻打寧遠、山海關，若朝廷輕易收留你等，必然會給劉賊開戰的理由。”
泰昌三年二月上旬，廣寧戰后，右屯衛、錦州、大凌河城、小凌河城、松山、杏山、連山、塔山守將奉高第之命，焚燒廬舍，糧儲，撤軍民于關內。
開原軍長驅直入，連取明軍所棄之城，兵鋒直逼寧遠。
二月十二日，祖大壽聞知開原軍已過遼河，馬上進行軍事部署。
寧遠城內以廣武營步兵防守，中左所都司陳兆蘭率領本營步兵入城，與都司徐敷奏協防，總兵標下家丁在城上及四門為援。
中軍孫紹祖、何可綱、李國輔、黃維正、彭簪古等人督陣，祖大壽親率家丁在城內緝拿奸細。總兵祖大弼領本營精銳出興水縣堡、瓦窯沖作為援兵。
副將朱梅，游擊馬廣、鄧茂林各率所部精銳與祖大弼合營，作為寧遠北邊外援。
祖大壽又令寧遠及金州所屬各小堡堡官孟繼孔、孫承惠、張存仁、金國鳳、孫定遼、趙邦寧，各率騎兵與祖大弼匯合一處。
龍武水營游擊姚與賢、喬恒、季士登，都司王錫斧等人簡選各船精兵，在覺華島待命，為寧遠南邊外援。
中右所由劉永昌、尤岱堅守，前屯衛總兵趙率教領所部三車營步兵防守中千所、前屯衛、中后所，作為寧遠的后援。
這樣，以寧遠為中心，東、西、南、被四面相呼應的防御體系就建立起來了。
祖大壽從祖大弼及各路敗軍口中了解到遼沈、廣寧等地陷落的過程，號召寧遠全城軍民齊心守城，他讓家丁在城中四處張貼布告，其文如下：“本官定與此城共存亡，城內各將領或守或援，俱當與本城共存亡。結連一處，彼此同心，死中求生，必生無死。若有臨戰退縮，必于軍前斬之，有一人亂行動者殺，城上人下城者即殺！”
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